Han er født i Lemvig og begyndte at læse molekylærbiologi på Aarhus Universitet i 1992, hvorfra han blev cand.scient. i 1998. To år efter tog han en ph.d. ved Institut for Medicinsk Mikrobiologi og Immunologi på Aarhus Universitet, hvor han har været siden, først som forskningsadjunkt og siden 2003 som lektor. I 2003 erhvervede Søren Paludan den medicinske doktorgrad. Under uddannelsesforløbet har han haft ophold ved Oxford University og været research fellow ved The Cleveland Clinic Foundation i USA. Siden...