Senest har han været ansat som afdelingslæge på Ortopædkirurgisk Afdeling på Bispebjerg Hospital fra 2008 til 2014, hvor han hovedsageligt har beskæftiget sig med idrætskirurgi. Muhammad  Afzal har gennemført sin hoveduddannelse som speciallæge i ortopædkirurgi i 2007 og har derefter fået bred erfaring inden for både akut og elektiv kirurgi og behersker desuden diagnostisk og terapeutisk viden inden for idrætskirurgi. Han har desuden stor erfaring inden for kikkertundersøgelser i skulder, knæ og ankel.